|
|
Gene regulation in Clostridium beijerinckii NRRL B-598
Schwarzerová, Jana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The master’s thesis deals with the study of gene regulatory in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for inference gene regulatory network for C. beijerinckii NRRL B-598. The theoretic part describes basic nomenclature gene regulatory with the main focus on gene regulatory networks nomenclature. Laboratory methods which serve to obtain suitable gene describing express data are described there. These data are based on the study of gene regulatory and inference gene regulatory networks. The thesis is mainly focused on the RNA-Seq technology and brief description of laboratory data which were gathered using the strain C. beijerinckii NRRL B-598. In the practical part of the thesis pre-processing of these raw laboratory data and following gene regulatory research is performed which focuses on inference operons and creating first gene regulatory networks for C. beijerinckii NRRL B-598 using different approaches.
|
|
|
Lékové interakce derivátů resveratrolu s nukleárním receptorem PXR
Marešová, Veronika ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Trejtnar, František (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Veronika Bečicová Školitel: Prof. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Lékové interakce derivátů resveratrolu s nukleárním receptorem PXR Deriváty resveratrolu jsou přírodní látky stilbenoidní struktury s antioxidační aktivitou, obsažené především v červeném víně a grepu. V minulosti se studovaly interakce resveratrolu s pregnanovým X receptorem (PXR), který reguluje nejdůležitější biotransformační enzymy v játrech a střevě včetně cytochromu P450 3A4 (CYP3A4). Tyto publikované výsledky si však často protiřečí. V mé diplomové práci jsem se zaměřila na studium interakcí resveratrolu a jeho derivátů s PXR receptorem pomocí modifikované metody gene reporter assay spojené s kvantitativní reverzní polymerázovou řetězovou reakcí (qRT-PCR). Tato metoda byla zavedena, jelikož resveratrol i jeho deriváty inhibovaly luciferázu, nemohly být proto testovány klasickou metodou gene reporter assay. Účinky resveratrolu na expresi CYP3A4 jsem rovněž studovala qRT-PCR na diferencované jaterní linii HepaRG. Podařilo se zavést metodu gene reporter assay s detekcí luciferázy pomocí qRT-PCR na hepatomové linii HepG2 transfekované CYP3A4 reportérovým luciferázovým konstruktem. U všech testovaných...
|
|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD ovlivňuje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita proteinu TEAD1 je řízena prostřednictvím signální dráhy Hippo. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze signální dráhu Hippo zůstává nejasný. Geny MYC a GLUT1, které kódují dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako potenciální cíle signální dráhy Hippo. V této diplomové práci jsem se pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách snažila experimentálně potvrdit předpokládanou vazbu transkripčního faktoru TEAD1 k regulačním sekvencím genů MYC a GLUT1. I přes veškerou snahu se mi nepovedlo provést chromatinovou imunoprecipitaci transkripčního faktoru TEAD1. V rámci diplomové práce jsem navrhla několik možných důvodů, které mohly vést k získaným negativním výsledkům. Klíčová slova: transkripční regulace, TEAD transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, leukemie
|
|
|
Molekulární podstata lékových interakcí -interace konstitutivního androstanového receptoru s vybranými stilbenoidy
Linhartová, Lenka ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Smutná, Lucie (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Lenka Linhartová Školitel: Prof. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Molekulární podstata lékových interakcí - interakce konstitutivního androstanového receptoru s vybranými stilbenoidy Konstitutivní androstanový receptor (CAR), člen rodiny nukleárních receptorů, je významným regulátorem exprese enzymů I. a II. fáze eliminace endobiotik a xenobiotik. Ovlivnění jeho aktivity může vést ke vzniku farmakokinetických lékových interakcí, neúčinku terapie nebo zvýšení toxicity léčiv podaných spolu s jeho ligandy. V relativně nedávné době byl objeven i vliv tohoto receptoru na homeostázu žlučových kyselin, lipidů a glukózy a je na něj teď nahlíženo jako na potenciální cíl léčiv u metabolických onemocnění. Stilbenoidy jsou malou skupinou rostlinných polyfenolů s charakteristickým 1,2- difenylethylenovým jádrem. Nejznámějším zástupcem je bezpochyby resveratrol, kterému je věnována velká pozornost díky jeho antioxidačním, protizánětlivým, antiproliferativním a kardioprotektivním účinkům. Ukazuje se, že i další látky této skupiny jako pterostilben, piceatannol nebo pinosylvin mají obdobně příznivé účinky na lidské zdraví. Cílem této práce bylo otestovat 12 látek ze skupiny stilbenoidů jako...
|
|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD reguluje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita TEAD1 je regulována prostřednictvím Hippo signální dráhy. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze Hippo signální dráhu zůstává nejasný. C-MYC a GLUT1, dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako cíle Hippo signální dráhy. V této diplomové práci byla pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách experimentálně potvrzena vazba TEAD1 k prvnímu exonu genu C-MYC a dále objevena nová interakce TEAD1 s enhancerem genu C-MYC a s enhancerem genu GLUT1. Regulace glukózového metabolismu Hippo signální dráhou může představovat nový mechanismus suprese nádorových buněk. Klíčová slova: genová regulace, transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, bioinformatika
|
|
|
Gene regulation in Clostridium beijerinckii NRRL B-598
Schwarzerová, Jana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The master’s thesis deals with the study of gene regulatory in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for inference gene regulatory network for C. beijerinckii NRRL B-598. The theoretic part describes basic nomenclature gene regulatory with the main focus on gene regulatory networks nomenclature. Laboratory methods which serve to obtain suitable gene describing express data are described there. These data are based on the study of gene regulatory and inference gene regulatory networks. The thesis is mainly focused on the RNA-Seq technology and brief description of laboratory data which were gathered using the strain C. beijerinckii NRRL B-598. In the practical part of the thesis pre-processing of these raw laboratory data and following gene regulatory research is performed which focuses on inference operons and creating first gene regulatory networks for C. beijerinckii NRRL B-598 using different approaches.
|
|
|
Studium inhibičního účinku antagonisty SPA70 na hPXR
Dohnalová, Klára ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Klára Dohnalová Školitel: prof. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Studium inhibičního účinku antagonisty SPA70 na hPXR Práce se zabývá pregnanovým X receptorem (PXR) a jeho antagonisty. PXR je ligandy aktivovaný jaderný receptor, jenž hraje dominantní roli v řízení detoxikace xenobiotik a chrání organismus před akumulací těchto mnohdy toxických sloučenin. Novější poznatky ukazují rovněž endogenní působení PXR v metabolismu lipidů, glukózy a žlučových kyselin. Aktivace PXR nepůsobí vždy protektivně, jelikož indukce biotransformačních enzymů působením agonistů PXR může vést k snížení účinnosti léčby, ke zvýšené toxicitě metabolitů léčiv nebo k rezistenci na chemoterapeutika. V poslední době se výzkum intenzivně zaměřuje na antagonisty PXR schopné vyrušit tyto nepříznivé jevy. Jednou z nových nadějných molekul z hlediska budoucího uplatnění v cílené antagonizaci lidského PXR je SPA70. V práci jsme zkoumali inhibiční účinek této sloučeniny na aktivovaný lidský PXR. Využili jsme agonistů působících přímou vazbou na PXR (rifampicin, hyperforin, SR12813) i nepřímo přes buněčné signalizační cesty (U0126, PD184352, PD0325901). Antagonistu jsme testovali metodou luciferase reporter gene...
|
|
|
Lékové interakce derivátů resveratrolu s nukleárním receptorem PXR
Marešová, Veronika ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Trejtnar, František (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Veronika Bečicová Školitel: Prof. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Lékové interakce derivátů resveratrolu s nukleárním receptorem PXR Deriváty resveratrolu jsou přírodní látky stilbenoidní struktury s antioxidační aktivitou, obsažené především v červeném víně a grepu. V minulosti se studovaly interakce resveratrolu s pregnanovým X receptorem (PXR), který reguluje nejdůležitější biotransformační enzymy v játrech a střevě včetně cytochromu P450 3A4 (CYP3A4). Tyto publikované výsledky si však často protiřečí. V mé diplomové práci jsem se zaměřila na studium interakcí resveratrolu a jeho derivátů s PXR receptorem pomocí modifikované metody gene reporter assay spojené s kvantitativní reverzní polymerázovou řetězovou reakcí (qRT-PCR). Tato metoda byla zavedena, jelikož resveratrol i jeho deriváty inhibovaly luciferázu, nemohly být proto testovány klasickou metodou gene reporter assay. Účinky resveratrolu na expresi CYP3A4 jsem rovněž studovala qRT-PCR na diferencované jaterní linii HepaRG. Podařilo se zavést metodu gene reporter assay s detekcí luciferázy pomocí qRT-PCR na hepatomové linii HepG2 transfekované CYP3A4 reportérovým luciferázovým konstruktem. U všech testovaných...
|
|
|
Molekulární podstata lékových interakcí -interace konstitutivního androstanového receptoru s vybranými stilbenoidy
Linhartová, Lenka ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Smutná, Lucie (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Lenka Linhartová Školitel: Prof. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Molekulární podstata lékových interakcí - interakce konstitutivního androstanového receptoru s vybranými stilbenoidy Konstitutivní androstanový receptor (CAR), člen rodiny nukleárních receptorů, je významným regulátorem exprese enzymů I. a II. fáze eliminace endobiotik a xenobiotik. Ovlivnění jeho aktivity může vést ke vzniku farmakokinetických lékových interakcí, neúčinku terapie nebo zvýšení toxicity léčiv podaných spolu s jeho ligandy. V relativně nedávné době byl objeven i vliv tohoto receptoru na homeostázu žlučových kyselin, lipidů a glukózy a je na něj teď nahlíženo jako na potenciální cíl léčiv u metabolických onemocnění. Stilbenoidy jsou malou skupinou rostlinných polyfenolů s charakteristickým 1,2- difenylethylenovým jádrem. Nejznámějším zástupcem je bezpochyby resveratrol, kterému je věnována velká pozornost díky jeho antioxidačním, protizánětlivým, antiproliferativním a kardioprotektivním účinkům. Ukazuje se, že i další látky této skupiny jako pterostilben, piceatannol nebo pinosylvin mají obdobně příznivé účinky na lidské zdraví. Cílem této práce bylo otestovat 12 látek ze skupiny stilbenoidů jako...
|
|
|
Molekulární podstata lékových interakcí -interace konstitutivního androstanového receptoru s vybranými stilbenoidy
Linhartová, Lenka ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Hyršová, Lucie (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Lenka Linhartová Školitel: Prof. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Molekulární podstata lékových interakcí - interakce konstitutivního androstanového receptoru s vybranými stilbenoidy Konstitutivní androstanový receptor (CAR), člen rodiny nukleárních receptorů, je významným regulátorem exprese enzymů I. a II. fáze eliminace endobiotik a xenobiotik. Ovlivnění jeho aktivity může vést ke vzniku farmakokinetických lékových interakcí, neúčinku terapie nebo zvýšení toxicity léčiv podaných spolu s jeho ligandy. V relativně nedávné době byl objeven i vliv tohoto receptoru na homeostázu žlučových kyselin, lipidů a glukózy a je na něj teď nahlíženo jako na potenciální cíl léčiv u metabolických onemocnění. Stilbenoidy jsou malou skupinou rostlinných polyfenolů s charakteristickým 1,2- difenylethylenovým jádrem. Nejznámějším zástupcem je bezpochyby resveratrol, kterému je věnována velká pozornost díky jeho antioxidačním, protizánětlivým, antiproliferativním a kardioprotektivním účinkům. Ukazuje se, že i další látky této skupiny jako pterostilben, piceatannol nebo pinosylvin mají obdobně příznivé účinky na lidské zdraví. Cílem této práce bylo otestovat 12 látek ze skupiny stilbenoidů jako...
|
host ::
RSS.